位處台灣離島，早年綠島的對外交通，是以人力風帆舢舨船作為交通工具，從火燒島搖到加走灣（今長濱鄉長濱）、成廣澳（今成功鎮小港）、八里芒（今東河鄉興昌村）、都蘭（今東河鄉都蘭村）、卑南（今臺東市），大約都需要一整天的時間。因為。舢舨船小，容易受到天候的影響，海上航行是一件艱苦的事。
顯然海運發展對綠島發展、演化有高度影響。
演化過程
日治初期，有大阪商船株式會社經營臺灣沿岸航線，1,500噸級長春號定期停靠卑南（今臺東市）和火燒島，但當時卑南和火燒島都沒有港口，大船需停泊在離岸近的海面上，再以舢舨接駁人和貨物上岸，單程航行時間約需3小時。起先是每個月一次，1904年（明治37年）6月起，改為每個月二次。後來雖然日期、迴線有變，但基本上火燒島有船入港還是每個月二次。1942年（昭和17年）2月起，臺灣沿岸路線六線改由南日本汽船株式會社經營，改以50噸級船一艘，行駛於新港─臺東─火燒島─紅頭嶼之間，一年總航次50回。
二次大戰期間，定期船高砂號被美軍炸沈於烏石仔（綠島機場跑道外側），交通只能靠民間機動漁船兼營來維持。戰後初期，綠島和新港之間（臺東無港）的交通，據田貴寶先生口述，主要依靠人力帆船兼營，朝發夕至，時間相當長。後來有機動漁船兼營，來往一趟約需5小時。由於臺東無港，機動漁船都是錨泊於寶桑口，再以舢舨接駁客貨上岸。
1950年4月，台灣省政府派專輪定期航行高花、基花二線，高花線班輪順靠蘭嶼、綠島、臺東、新港，以解決臺東縣二離島鄉之交通問題。1950年新生訓導處成立，由於運補關係，軍方購一艘50噸「綠島一號」作搬運船，但冬季常發生意外，改由「美雄輪」定期班輪運補。1951年11月，固定租船「新生號」，不定期航行新港、綠島間，同時協助綠島對外的客貨交通。據成功鎮耆老王河盛先生口述，當時「新生號」以新港為基地（寄港地），新生的家屬要到綠島會客時，都是先到新港，等待船班出發。新生獲釋時，也是送到新港，所以有一陣子，新港街上人來人往，相當熱鬧。
1954年5月底，台灣省交通處核准綠島鄉漁船新年豐等7艘，得兼營客貨運輸。1959年9月，新港郵局經營的80噸鐵殼郵遞船「郵凱輪」航行於新港和綠島、蘭嶼間，載送郵件、兼營客運，兩年後因營運欠佳，郵政管理局宣布停航，後來撥給臺東縣政府經營，1962年颱風期間被大浪打到富岡沙灘擱淺，隨後解體。這段時間，由綠指部以向民間租用的補給船「金星福」和「順航」支援航運。
台東縣伽藍漁港（即今日的富岡漁港）於1958年闢建完成，1984年完成港口改善，1993年始擴建完成。1962年11月臺東縣政府以「東光輪」航行富岡和綠島之間，1968年東光輪在富岡漁港觸礁而解體，1968年至1971年，另有機動漁船「豐榮號」和「六號基興」航行綠島、蘭嶼、新港、富岡和大武之間。1969年臺東縣政府「蘭嶼輪」啟航，5年後因地方日趨繁榮，客貨運量大增，再建造「新蘭嶼輪」，都是客貨兩用。
1989年6月長安輪啟航，稍後占岸輪也增闢富岡－綠島航線。1990年綠島風景特定區由東管處接管；1992年龍鴻航運的吉龍鴻貨輪啟航，稍後新發航運跟進。
1995年龍鴻航運投資龍豪快輪（後改名新龍豪），重130噸，可搭乘195人，速度高達每小時34節，所以臺東綠島之間航程，單趟最快只需30分鐘，客輪從此走入一個新紀元。
1999年1月底臺東縣政府的蘭嶼輪停航，新蘭嶼輪於2000年退役。1999年綠島之星客輪啟航，航行臺東綠島之間的客輪，其餘包括：金星3號、綠島之星2號、凱旋1號、凱旋2號、天王星等。[1]
根據花蓮港務局資料，目前航行於本島與綠島間的聯營客輪包括：帆利的凱旋一二號、龍鴻的綠島之星一二號、新發（大發）的金星3號、恆星號及長杰航運天王星等共七艘船。其中帆利的老闆明年也要競選綠島鄉長，看起來航運興衰與綠島發展的關係會更緊密的結合。
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