除了豪華農舍及一般農舍爭議外，工廠管理輔導法修正條文於99年6月2日公布施行，其中第33條、第34條規定，於101年6月2日前輔導未登記工廠公告劃定特定地區及補辦臨時工廠登記，於輔導期間106年6月2日止排除土地使用管制及建築法規相關處罰。另立法院通過該法修正條文（103年1月22日公布施行），第33條輔導期間順延3年，輔導期間順延3年（延至109年6月2日止）。
內政部於102年10月17日公告實施「全國區域計畫」，落實行政院核定「輔導未登記工廠合法經營方案」政策，配合就前開特定地區，研訂得由特定農業區檢討變更為一般農業區之檢討變更原則。
內政部依據區域計畫法第15條及製定非都市土地使用分區圖及編定各種使用地作業須知相關規定，辦理直轄市、縣（市）特定地區檢討變更案件，說明如下：
一、經濟部已劃定公告186處特定地區，其現行土地使用分區屬非都市土地特定農業區者有112處，經直轄市、縣（市）政府審查後函送本部辦理審查作業者計有103案（其餘9案因各該管直轄市、縣（市）政府並未審查通過，並未函送本部）：
- 准予核備者：13案；包含桃園市5案、嘉義縣2案及彰化縣6案。
- 辦理中：87案，包含高雄市19案、臺中市30案、臺南市12案、新竹縣1案、苗栗縣2案及彰化縣23案。
- 不予同意核備者：3案；包含桃園市2案、南投縣1案。
內政部2017年1月4日會議紀錄:
依全國區域計畫修正案（草案）明定臺中市宜維護農地資源面 積為 4.63 萬公頃（按：第 1 種農業用地、第2種農業用地及第4種農業用地之加總），依臺中市區域計畫（草案）「都市計畫農業區變更為工業區」、「既定政策轉用」、「設施型分區」及 「新訂或擴大都市計畫」擬轉用421.04公頃之農地，惟未將臺中市轄內特定地區轉用農地面積（95.919196 公頃）納入分析，仍請補充說明各案特定地區土地之農地分類分級結果，分析其檢討變更後對臺中市宜維護農地資源面積之影響情形及其因應對策。
自由時報 2017.10.24 史上最大的違建拆除作業將正式啟動！行政院祭出鐵腕，近日核定「拆除農地上新增違規工廠行動方案」，本週就將發文協請各縣市配合拆除違規工廠，且拆除作業將與地方補助「連動」，縣市拆除延宕、補助也將延後發放，如到明年仍不拆除，中央甚至將代位執行拆除，縣市補助則將減半發放。
為清除農地毒瘤、確保農地農用，農委會日前盤點農地，查出五萬家違章工廠侵佔一．三萬公頃農地，其中兩百八十六處疑似去年五二○後新增的違規工廠，現地勘查後鎖定卅四家，九月公布第一波十七家優先拆除，彰化八件、高雄五件、台南二件、嘉義一件、雲林一件。但傳出彰化縣等縣市不配合拆除，引發中央與地方政策不一的爭議。
嘉義縣政府昨呼籲，依目前「區域計畫法」，全國農地控管總量七十九萬公頃，嘉義縣只需兩萬公頃農地，未來卻恐分派控管七．一萬公頃，地方稅徵收及都市計畫區土地運用將大受衝擊，中央應對農業縣市設計「補貼」機制，否則農業縣市更無法發展。
農委會預估: 拆除經費將先由農業發展基金支應，一家○．二五公頃工廠估需一百一十二萬元，拆三十四家估需四千萬元，遭拆除工廠事後仍須支付費用。中央將組專案小組督導並協助縣市，必要時會動員檢警排除抗爭、維持秩序等。(依此類推，全國10萬家未登記工廠單單拆除經費需要1120億元，至於拆除後的垃圾如何處理，可能又是另一筆費用)
農委會決定年底前拆除2016年520後新增的17件農地違章工廠，農委會企劃處處長蔡昇甫說，高雄市將於2017年12月4日首先執法，針對路竹區的2間違章工廠進行強制拆除作業。位於高雄市路竹區的2間違章工廠在11月3日時遭高雄市政府勒令停工，並限期1個月內自行拆除，12月3日是最後期限，但上週高雄市政府前往查看，發現當事人沒有要自行拆除的跡象，因此高雄市政府規劃4日前往強制執行拆除作業。
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